台灣大學生在2014年春天因為反對人們所說的馬英九政府黑箱操作與中國簽署服務貿易協議而掀起太陽花學運，這個學運影響了當年年底縣市長地方選舉的結果，使國民黨丟掉執政版圖上的大片地區，台灣社會也對馬政府與中國經濟連結過於緊密的兩岸政策發出警訊。許多專家認為，經濟議題是驅動這次台灣總統選舉的核心，選後無論哪一個政黨執政都要面對中國紅色供應鏈的問題。
台灣各個針對總統大選的民調顯示，2016年的總統選舉，受訪者最關心的是經濟議題。台灣指標12月底發佈的民調顯示，72.5%的受訪者認為提振經濟是新總統應該優先處理的議題。而在新台灣國策智庫選前2周發佈的民調中，經濟發展也被受訪者列為新總統必須優先處理的問題。
自2011年兩岸簽署ECFA經濟合作框架協議以來，台灣與中國大陸的貿易快速增長，卻在2014年引爆太陽花學運，大批學生和年輕人對兩岸簽署服務貿易協議產生疑慮，也對台灣經濟過度依賴中國造成台灣所得分配不均、貧富差距擴大的不滿。
依據中國商務部的統計，包含香港在內，2014年兩岸貿易總額達到1983億美元，中國從台灣進口1520億美元，對台灣出口463億美元美元，對台灣出口逆差為1058億美元。
台灣經濟部國際貿易局的統計數字則顯示，2014年兩岸貿易總額含香港在內為1744億美元，台灣對中國出口為1247億美元，進口為497億美元。依據國貿局的排名，中國是2014年台灣第1大出口市場，連排名第4的香港算在內，兩者加起來貿易量佔台灣整體出口比重39.7%。
美國維吉尼亞州威廉瑪麗學院政府學系教授鄭敦仁最近在喬治華盛頓大學一場有關台灣選舉的研討會中指出，台灣人民認為馬英九政府與中國緩和關係的兩岸政策讓台灣付出了極大的代價，這個政策也造成台灣對中國大陸經濟的過度依賴，這也是太陽花學運之後國民黨會在選舉中失利的主要原因。
威廉瑪麗學院政治系教授鄭敦仁說﹕“兩岸關係和緩被馬英九視為如皇冠般重要，他在2008年上任初期即以此為目標，因此也推動了兩岸的和緩及經濟伙伴關係，其設想是如果兩岸能在經濟領域中有良好的經濟整合，或許台灣的安全應該可以得到強化，這兩者應該相互並行，如此可以解決台灣長期以來面臨的外交孤立與經濟邊緣化的問題。如果得到北京的同意和諒解，台灣應該可以走出去與其他國家建立經濟關係，並且加入一些國際組織。”
同時擔任《台灣民主期刊》主編的鄭敦仁說，馬政府的兩岸政策一開始似乎奏效，但許多人回過頭來卻發現，這個所謂的經濟紅利讓台灣付出了極大的政治代價，也造成台灣對中國經濟更大的依賴。
鄭敦仁說﹕“現在許多人將兩岸經濟連結持負面看法。謝复生教授與他的學生所做的一個研究顯示，台灣20到29歲年輕人及30到34歲的人認為兩岸經濟關係的深化可能對台灣的國家安全有負面影響，大概只有和我一樣，年紀較大的人會認為兩岸經濟連結與台灣安全可以相互並行。當然我不是說這沒有前提，有些條件還是必須達到才能夠兩者互相影響。”
鄭敦仁說，儘管有台灣中研院、英國學者和台大的調查研究指出，台灣在中國的大量投資對台灣有利，台灣的高科技產業也依然蓬勃發展，不過中研院社會研究所研究員張茂桂2014年的一個調查顯示，有6成以上的台灣人認為馬政府的兩岸政策只是造福一些大企業和財團，八成以上的人認為這種政策造成所得分配不均，另外有3分之一的對他們的就業可能受到的負面影響感到擔憂。
斯坦福大學台灣民主項目研究員祁凱立說，馬英九政府的經濟策略是將台灣的經濟發展與中國掛鉤，認為以中國經濟增長的速度台灣應該可以搭順風車獲利。不過這個策略卻沒有達到他所設想的效果。
祁凱立說﹕“經濟利益只集中在那些與中國有生意往來的人，擴散效益非常有限。即便是允許中國旅遊團到台灣觀光的政策，我很驚訝它的影響竟然也十分有限，它只集中在一些特定的產業，尤其是特定的酒店集團，所以旅遊團大批到台灣，但他們只到固定的那些地方，所以只有這些地方才從中獲益，因此馬政府原先期望這個政策能夠達到的大規模效益基本上並沒有能夠實現。”
祁凱立說，馬政府任內台灣年輕人的失業率居高不下，他們對前途的茫然焦慮是太陽花學運發生的背景，雖然這對執政黨的候選人极為不利，但無論是誰當選台灣下一任總統也一樣必須面對這個挑戰。他還說，加入TPP 是台灣的選擇之一。
祁凱立說﹕“所以台灣有甚麼選擇呢？作為一個位於亞太地區的小型貿易經濟體，台灣的選擇是跨太平洋伙伴協議TPP。雖然它已經完成談判，但還有許多的不確定性，各個成員內部是否能批准通過還不確定。但如果它真的通過，台灣針對需要在其中佔有一席之地，因為台灣的經濟可以多元化，將它的出口從對中國的過度依賴轉移到其他地方，不過這需要台灣內部事實經濟改革，但馬政府至今未能讓這些改革在立法院通過。”
祁凱立以美國進口牛肉為例說，這個問題在台灣引發大規模抗爭，但從食用相同牛肉的美國來看，這就成為台灣在貿易保護主義下對美國所設的貿易障礙，因此如果台灣要加入TPP，台灣下一任總統勢必要面對並解決這個問題。
祁凱立說﹕“台灣必須解決這些問題，採取符合美國以科學證據為標準的貿易體制才可能加入TPP。所以下一任總統蔡英文可能就必須說服人民，由於台灣要加入TPP才能平衡對中國的經濟依賴，所以台灣必須對這些外國進口和投資開放市場，但這個做法可能不受她的多數支持者歡迎，因此她將會面臨极大的挑戰。”
對於美豬進口與台灣加入TPP的問題，蔡英文在總統候選人電視辯論會和電視政見會中表示，是否開放美豬、美牛進口目前都言之過早，台灣要加入TPP會是一個艱難的談判過程，對於瘦肉精的使用，她會參照飲食習慣和台灣相同的日本和南韓的情況，不過台灣內部不會使用瘦肉精，這可以讓兩者產品差異化，使台灣生產的豬肉有競爭力。
至於如何讓台灣脫離經濟上的困境，民調領先的蔡英文說，台灣一向過度依賴出口的產業結構，在面對全球經濟不景氣和中國紅色供應鏈的衝擊下必須做全盤的調整。作為一位領導人，她提出的經濟發展新模式將以“創新、就業、分配”為核心，重新找回台灣經濟發展的大方向。
蔡英文強調，她的經濟政策首先是要發展綠能科技、智慧機械、物聯網、生技醫藥及國防產業等5大產業的創新研發，其次是創造智慧城市、城鄉更新、綠色能源開發、供水係統智慧電網升級、社會住宅及照顧設施建立等內需市場，以外銷和內需並重的方式調整台灣的產業結構和經濟體質。
國民黨的朱立倫則提出“3弓4箭”的經濟政策，它是以發展台灣的自主供應鏈為目標，“3弓”是提升科研實力、產業升級與建立台灣自由經濟島；“4箭”是建立自主供應鏈、進口替代延伸到上游、確保下游產業主要供應商地位，以及開發新興國家市場。
朱立倫主張強化台灣與紅色供應鏈、世界供應鏈的合作發展，推動加入RCEP和TPP等區域自由貿易體系。他說，台灣供應鏈與紅色供應鏈相互合作可以擴大市場，不一定要相互排斥。
