由民進黨總統蔡英文領導的政府將在5月20日上任。華盛頓觀察人士說，新政府要面對的諸多挑戰除瞭如何改善台灣經濟、維持台海兩岸關係和平穩定之外，還有一個非常棘手難解的南中國海主權問題。
在美中兩國為中國在爭議島礁填海造島、美國軍艦在爭議海域自由航行的問題爭執不休之際，華盛頓智庫卡內基和平基金會研究副總裁包道格(Douglas Paal)星期一在一個分析台灣選舉結果的研討會中透露，美國私底下一直在要求台灣政府公開國民政府當年保存的南中國海歷史檔案，這個檔案有助於釐清中國九段線領土主張的基礎。
包道格說：“蔡英文政府接下來要面對的一個問題，就是是否要公開1947年遺留下來的關於11段線的歷史檔案。 奧巴馬政府一直在私底下要求馬總統公開，但他一直都不願意這麼做。有一種期望是--我不知道這個期望有沒有根據--就是如果這些檔案被公開，我們或許可以看到所謂的11段線很可能只是航海所用的圖表而不是領土主張。從美國的觀點來說，這或許已削弱中國的主張。”
華盛頓的史汀生中心東亞項目主任容安瀾(Alan Romberg)在研討會上表示，菲律賓向國際法庭提出的南中國海仲裁案，內容還包括了中國九段線領土主張的法律基礎，但馬政府和民進黨都沒有對這個議題明確表達過立場，只是強調台灣的領土主張符合國際法，特別是聯合國海洋法公約的規範。
他說，如果國際法庭裁決太平島不具島嶼地位，台灣政府如何回應屆時將是一個重大考驗。
容安瀾說：“ 一個特別敏感的領域就是，如果法庭同意菲律賓的立場，從大陸架和200海里專屬經濟區的角度認為太平島不是一個島嶼，這將為台灣帶來一個兩難的局面，因為馬政府和北京都說過，不會接受這種裁決。 ”
台灣總統馬英九1月28日在台灣選舉後搭乘軍機遠赴距離台灣1600公里的太平島訪視，引發美國政府的不滿和批評，認為這個做法對解決區域領土爭端沒有幫助，反而可能導致緊張加劇。
不過馬英九說，他登島的目的之一是要澄清太平島的法律地位，他和美國對與南中國海爭端的立場大方向一致，都希望當地和平不要有衝突。
中國外交部對馬英九訪問太平島的回應稱，南沙群島自古以來就是中國領土，台灣海峽兩岸的中國人都有責任保護祖先留下的財產。
