台灣部分專家學者對於兩岸互設辦事處還是有高度的疑慮。對此，主管大陸事務的陸委會主委王郁琦表示，兩岸之間任何的協商都是以中華民國憲法為前提。
台灣主管大陸事務的陸委會主委王郁琦星期三在立法院表示，未來大陸海協會在台灣設立的辦事處，如果出現不適當的行為，將會依法有所處置。
他說：“從輕到嚴，輕的情況，當然可以口頭的警告。最嚴重的情況，對人員的話，就可以請他離境。對機構來講，最嚴重的情況，當然可以撤銷對這個機構的許可。”
王郁琦主委還指出，台灣和中國大陸之間的任何協商，都是以中華民國憲法為前提，至於中華民國憲法的架構，就是一個中華民國，兩個地區:包括了台灣地區和大陸地區。
台灣立法院內政委員會就兩岸互設辦事機構條例草案舉行了公聽會，相關官員以及兩岸問題專家學者都受邀出席發表看法。
金門大學國際暨大陸事務學系主任邱垂正教授表示，海協會在台灣的辦事處，是否會成為類似在香港的中聯辦，值得有關單位注意。
他說：“在回歸之後，中聯辦的角色更是明目介入香港的選舉，包括進一步收買媒體、控制輿論、影響選舉。我想會不會形成這些分支機構在台灣，對於我們民主憲政是一大威脅。”
邱垂正教授還說，兩岸互設辦事處的談判，雖然不能比照領事館的標準，台灣一定要爭取到比駐香港澳門經濟文化辦事處更好
的條件。
台灣人權促進會律師賴中強表示，兩岸互設辦事處不能淪為一國兩區，以免落入北京的一中框架當中。
他說：“這個條例，台灣地區、大陸地區，就是一國兩區。而且是沒有中華民國的一國兩區，請問在場的各位，大家看一看今天公聽會的名稱，就是行政院草案的名稱，大家看到中華民國四個字了嗎? 沒有。”
賴中強還指出，兩岸互設辦事機構不應該預設政治前提，與此同時還要爭取台灣人民在大陸被以任何形式監禁時，台灣辦事處人員得以前往探視。
台灣關懷中國人權聯盟理事長楊憲宏表示，許多非政府組織成員都告訴他，當中國還有1千多枚導彈對準台灣時，兩岸並不適合談互設辦事處。
楊憲宏還說，不適合的原因還包括，台灣的國際活動空間，繼續遭到中國的打壓，此外，中國的人權紀錄更是非常的惡劣。
廣東東莞台商投資企業協會會長謝慶源表示，做生意的人不談政治，不過，他認為台灣如果在大陸有辦事處，象徵意義大於實質意義，至少會讓台商覺得有娘家和靠山。
陸委會主委王郁琦表示，會爭取人道探視的權利，在談判當中也將堅持對等的原則，針對不同的意見，陸委會會重視。
台灣立法院內政及司法委員會本週四將就兩岸互設辦事處條例草案進行審查，在野的民進黨表示將全力進行抵制。
