9月8日才上任的台灣行政院長賴清德，星期二到立法院報告上任以來首度施政方針，在答覆各黨派立委質詢時也就台海兩岸關係做了清楚的表態，包括重申他的台獨立場，引起各界廣泛注意。
自蔡英文總統9月5日宣佈，將由台南市長賴清德接任林全擔任行政院長後，除了內政議題外，他對台灣前途、兩岸關係的態度與說法一直都是媒體關注的焦點。
在立法院的質詢中，國民黨、民進黨、親民黨與T時代力量黨等各種政治光譜的立委都沒有錯過這個機會，相繼向賴清德提出涉及憲政改革、國家定位、兩岸關係的問題。
國民黨立委林為洲在提到蔡英文總統在民進黨全代會表明將推動憲政改革的問題時問賴清德，究竟他所主張的台獨是何意涵？
賴清德說：“我是一個主張台灣獨立的政治工作者，我也曾經在台南市議會講過，不管我擔任哪一個職務這都不會改變。”
國民黨立委王惠美立即接著問說，那麼究竟賴清德的立場是台獨或親中愛台？賴清德說：“我要講的是，台獨的主張與親中愛台並不違背，因為親中愛台是以台灣為核心，表達對中國親善的態度、伸出友誼的手。我們當然也希望求同存異，透過交流增進彼此的瞭解、理解、和解、諒解，然後和平交流，所以是並行不悖的。”
另外，在與賴清德全程以台語進行的30分鐘問答質詢過程中，時代力量黨立委林昶佐說，看到星期天發生在台灣大學的“中國新歌聲”事件，就不難知道現在台灣年輕人為何會被稱為“天然獨”，因為大家都盼望有一天台灣能成為一個“正常、健全和有尊嚴的國家”。
林昶佐說，他在立法院提出許多關於“國家正常化”的提案，與賴清德十多年前在立委任期提出的案子非常類似，但目前在立法院還是完全無法推動。他說，賴清德當年對於追求國家正常化的問題相當“堅持”，如今擔任行政院長，是否有具體做法或時間表來實現此一目標。
賴清德答詢時說：“我們知道這是我們大家共同的願望，但現階段的兩岸關係必須在國際關係的脈絡下去思考，許多事無法一步就達成。”
親民黨立委陳怡潔則是在質詢時提到，在賴清德上任後中國國台辦即說過，對賴清德沒有期待。賴清德是否認為自己是一個“不被期待的人”？此外，他對兩岸之間的關係如何定位？
賴清德表示，“台灣是主權獨立的國家，名字叫中華民國”，兩岸是“互不隸屬的關係”，至於兩岸交流的問題，他重申將以蔡總統所說的，以互助、互惠原則，在善意不變、承諾不變，但也不在壓力下屈服的基礎上推動兩岸交流工作。
賴清德還指出，其實兩岸都有共同的目標與共同的敵人，應該要彼此共同合作才對，共同的敵人就像是颱風、地震或愛滋病、傳染病等；共同目標則是要增進兩岸人民的福祉。他認為，如果北京當局能夠瞭解這一點，許多事情就能夠迎刃而解。
中國國台辦發言人安峰山在9月中的例行記者會上曾被問到他對賴清德帶領的行政團隊有何期許。
安峰山說，無論台灣當局的人事如何變化，中國“重視和關注的是其大陸政策”。他說，在兩岸關係方面，民進黨當局最需要回答的問題是，兩岸關係的性質是什麼，“只有承認‘九二共識’，認同兩岸同屬一中，兩岸關係才能重回和平發展的正確軌道。”
