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美國科學家恢復被刪病毒序列 有望促進新冠溯源


美國國家過敏及傳染性疾病研究所發布電子顯微鏡下的新冠病毒 (SARS-CoV-2) 圖像 (路透社)

拜登政府官員警告,為期90天的新冠源頭調查可能不會得出一個明確的結論。有美國媒體說,“最主要的障礙是中國拒絕提供進一步數據”。但美國一位科學家表示,他的最新研究顯示,即使在缺乏實地研究的情況下,也有可能促進對新冠病毒起源的理解。

《華爾街日報》6月28日報道,拜登總統將在7月中收到一份對45天調查情況的最新報告,政府官員表示,即使是部分進展也可能縮小對新冠起源認識的分歧,並為進一步調查提供線索。

不過報道也指出,拜登政府官員警告,為期90天的新冠源頭調查可能不會得出一個明確的結論,“最主要的障礙是中國拒絕提供進一步數據,也不允許調查人員進一步接觸武漢病毒所的科學家們”。

布魯姆:世衛-中國溯源報告不能代表武漢早期疫情

但是美國一位科學家上週發表的一篇論文說,“即使沒有進一步的實地研究,通過更深入地探索國家衛生院(NIH)和其它機構存檔的數據,也有可能促進對新冠病毒(SARS-CoV -2) 起源或早期傳播的理解。”

傑西·布魯姆(Jesse Bloom)是西雅圖弗雷德·哈欽森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center) 的首席研究員、病毒學家。 6月22日他發表了論文《恢復被刪除的深度測序數據為早期武漢新冠病毒流行提供更多信息》。這篇論文尚未得到同行的評估。

布魯姆的研究和探索引發了兩個故事:首先他從谷歌雲中恢復了一些被刪除的文件,重建了13個武漢新冠疫情早期病例的序列,對這些序列的系統發育分析表明,新冠病毒在2019年12月海鮮市場相關的疫情爆發之前就已經在中國武漢市傳播了。

其次,他發現一些原先存儲在美國國家衛生院一個數據庫裡的序列被刪除了,經詢問,國家衛生院確認,這是在遞交這些序列的中國研究人員提出要求後刪除的。

對這些被刪除的病毒樣本序列進行研究後使布魯姆得出結論:“作為世衛組織-中國聯合報告重點的華南海鮮市場序列,並不能完全代表武漢早期疫情的病毒。”

布魯姆的論文發現,海鮮市場2019年12月的病毒樣本包含三個基因突變,而幾週後蒐集的病毒樣本則沒有這些突變,也就是說,後來發現的病毒與在蝙蝠身上發現的冠狀病毒相似度更高。

“這支持了這種病毒的一些早期譜系沒有經過海鮮市場的觀點,”《紐約時報》說。 “新分析支持了早些時候的說法,即在2019年12月與生鮮市場有關的最初疫情爆發之前,多種冠狀病毒可能已經在武漢傳播開來。”

拉瑟姆:布魯姆研究更加推進實驗室洩露說

位於紐約伊薩卡的非營利科學機構《生物科學資源項目》執行主任、病毒學家拉瑟姆(Jonathan Latham)說,布魯姆的研究報告“全面排除了華南(海鮮)市場為源頭”的說法,並為證明病毒從實驗室逃逸推進了一步。

“研究顯示了一個單一物種跳躍到了人類身上,而這與我們對典型的人畜共患爆發的理解不一致。”拉瑟姆在回覆評論要求的電郵中寫道。 “一個單一物種的跳躍,從另一方面看,暗示了實驗室逃逸。”

不過,《華爾街日報》引述匹茲堡大學病毒學家庫珀博士的話說,“刪除的序列並不能解決關於大流行是由實驗室事故還是動物傳染給人的持續爭論。'你仍然可以雙向爭論,'他說。”

布魯姆是今年5月14日在《科學》雜誌發表的《調查新冠病毒起源》公開信的共同作者。該信批評世衛組織-中國聯合調查報告,對新冠病毒的自然和實驗室溢出“這兩種理論沒有得到平衡的考慮”;認為“進一步明確這一流行病的起源是必要、可行並能達到的”;呼籲“一個正確的調查應該透明、客觀、以數據為導向、具有廣泛專業知識的包容性、接受獨立監督並負責地管理以盡量減少利益衝突的影響。” 該信獲得美國及全球17名科學家聯署。

布魯姆在研究報告中描述了他是怎麼發現美國國家衛生院刪除序列數據的。他說,他在閱讀一篇有關SARS-CoV-2的序列數據論文時,了解這些序列都存儲在國家衛生院的序列讀取檔案中。

那篇論文列出了一個表格,“其中大部分條目是有關武漢大學一個項目”,“該項目代表了截至2020 年3 月30 日在序列讀取檔案中282 份SARS-CoV-2 測序運行樣本中的241 份。” 這些樣本是由“傅艾蘇(音)和武漢大學人民醫院收集的,”布魯姆寫道。

他到國家衛生院管理序列讀取檔案(Sequence Read Archive [SRA])的國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information)搜索這一項目,得到的結果是“未找到任何項目”。然後他改搜單個測序運行樣本,“結果表明測序運行已被刪除,”他在文中寫道。

“對於任何想了解病毒傳播情況的人來說,武漢早期門診患者的樣本是一座金礦。”布魯姆寫道。

“至少,國家衛生院應該可以立即確定刪除此處分析的數據集的日期和聲稱的原因,因為從SRA 中刪除序列的唯一方法是向序列讀取檔案工作人員發送電子郵件請求(SRA 2021 )。 ” 《華爾街日報》報道。

布魯姆隨後聯繫國家衛生院,詢問為什麼刪除這些序列。

國家衛生院確認刪除

6月24日,美國國家衛生院在回覆美國之音問詢的電子郵件中確認了刪除並解釋了原因。

國家衛生院公共事務專家艾瑪·沃伊托維茨(Emma Wojtowicz)寫道, “管理序列讀取檔案(SRA) 的國家醫學圖書館(NLM) 的工作人員已經審查了提交調查人員撤回數據的請求。”

電郵說: “這些SARS-CoV-2 序列於2020 年3 月提交給SRA,隨後於2020 年6 月被提交調查員要求撤回。請求者表示序列信息已更新,正在提交到另一個數據庫,並希望從SRA 中刪除數據以避免版本控制問題。”

提交研究人員於 2020 年 3 月通過預印本和 2020 年 6 月在期刊上發表了有關這些序列的相關信息。

國家衛生院的電郵說,“提交研究人員對其數據擁有權利,可以要求撤回數據。”

但布魯姆在其論文中說:“並不存在對刪除的合理的科學理由。......論文沒有更正,論文聲明已獲得受試者的批准,測序顯示沒有質粒或樣本間污染的證據。因此,似乎這些序列可能被刪除是為了掩蓋它們的存在。”

美國聯邦參議員喬什·霍利 (Josh Hawley) 6月24日致信美國衛生官員,要求回答為何最早確診的新冠患者的重要數據從國家衛生院的數據庫中消失。

“我越來越擔心國家衛生院沒有認真對待中共的阻撓及其動機,尤其是在有證據表明國家衛生院的資金可能已經流向武漢病毒研究所之後。”他在信中寫道。

國家衛生院的公開信息顯示,從2014年至2019年,國家衛生院向非營利機構生態健康聯盟提供了約370萬美元的經費資助,開展名為“了解蝙蝠冠狀病毒出現的風險”(Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence)的研究。而該聯盟一直將部分資金用於與武漢病毒研究所的合作項目上。

為什麼要刪除?

《生物科學資源項目》創辦人、病毒學家拉瑟姆告訴美國之音,布魯姆論文的另一個要點是,提出了“為什麼這些重要數據要被刪除,以及為什麼現在不將這些數據提供出來。”

“中國政府正在隱瞞證據。” 拉瑟姆寫道。因為,“很難想出一個很好的理由(解釋為什麼要刪除)。”

布魯姆認為,這些序列被刪除是可疑的,這樣做的目的 “似乎是為了掩蓋它們的存在”。

布魯姆在論文中寫道:“在其它早期病例的直接識別受到阻礙的疫情爆發中,越來越有可能使用基因組流行病學從病毒序列分析中推斷出傳播的時間和動態。例如,對SARS-CoV-2 序列的分析,已經能重建SARS-CoV-2 在北美和歐洲的初始傳播。”

但是,基因組流行病學在疫情爆發最早的武漢的案例中,卻至今無法重建病毒的初始傳播模型。布魯姆認為,原因就在於武漢病例能提供的數據有限。

“儘管武漢擁有先進的病毒學實驗室,但卻只有該市疫情爆發頭幾個月的零星SARS-CoV-2 序列樣本。除了2019 年12 月下旬從與華南海鮮市場相關的十幾名患者那裡收集的一組多重測序樣本外,只有少量武漢序列是2020 年1 月下旬之前的。”

他認為,“這種序列的缺乏可能是因為接到了命令,即未經授權的中國實驗室必須銷毀爆發初期所有冠狀病毒樣本。據報導,這是出於'實驗室生物安全'的原因。”

2020年2月14日,習近平主持一個會議,號召“針對這次武漢肺炎疫情暴露出來的不足,抓緊堵塞漏洞,” 並強調,要盡快推動“生物安全法”。

2020年2月25日,中國疾控中心發文,規定“任何人不能以個人或研究團隊名義擅自向其他機構和個人提供新冠肺炎疫情相關信息,包括數據、生物標本、病原體、培養物等。” “發表與新冠肺炎疫情相關的論文和成果前,必須先報科技組/科技處初審,必要時提請應急領導小組或國家衛生健康科教司審批。” “未經科技組/科技處審核的已投稿的論文,盡快撤稿並執行本規定。” “有違反上述規定者,依紀依法依規進行嚴肅處理。”

2020年3月3日,國務院再發文“認真貫徹落實習近平總書記關於疫情防控工作的一系列重要指示精神……形成新冠肺炎科研成果信息發布全國‘一盤棋’格局。”

儘管中國各級機構採取措施嚴防信息外流,《華爾街日報》引述天普大學生物學教授、病毒病原體進化專家謝爾蓋·龐德(Sergei Pond)的話說,布魯姆博士的論文表明,可能還會有其它早期序列數據出現。

“如果有更多序列被曝光,特別是來自早期時間點或其他地方的檔案樣本,一切都可能再次發生變化,”他說。 “我認為這很有可能會發生。”

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