台灣政權即將交接之際，出現了特赦前總統陳水扁的議題。國民黨表示反對，民進黨則認為有助藍綠和解。
國民黨立委王育敏國民黨立法院黨團副書記長王育敏表示，前總統陳水扁涉及的是重大貪污罪，到目前為止，還有好幾個案子沒有審理完畢，在這種情況下，根本無法進行特赦。
她說：“包括國務機要費、二次金改國泰並世華案、教唆偽證案、侵占公文案，還有追訴陳敏薰洗錢案等5案尚未定讞。”
藍綠對立
王育敏委員還說，紐約時報2月16號報導，陳水扁是世界排名第2的貪污領袖，台灣的國際形象受到了嚴重傷害，陳水扁卻沒有向台灣社會進行鄭重道歉。
再過40天，民進黨即將執政，近來民進黨人士頻頻向馬英九總統喊話，說應該特赦因貪污罪遭到判刑的前總統陳水扁。
高雄市長陳菊表示，如果馬英九總統能特赦前總統陳水扁，將可以打破台灣長期藍綠的對立，歷史和人民都會記得他。
國民黨立委李彥秀認為，陳水扁是民進黨前主席，而蔡英文總統當選人是現任主席，自己的主席應該自己特赦，不要以藍綠和解的藉口把問題交給馬英九。
歷史定位
民進黨立委陳亭妃民進黨立委陳亭妃接受美國之音採訪表示，馬英九總統希望在任內留下歷史定位，因此民進黨方面提出了特赦陳水扁的建議。
她說：“這是提供給馬英九的一個選項啦！並不是所謂假議題，而是說他可以去思考，能不能在他卸任之前，促進一下藍綠的和解。”
陳亭妃委員還指出，台南和高雄市議會都通過了特赦前總統陳水扁的決議，這畢竟是部分民眾的心聲，也可以給未來執政的蔡英文總統參考。
前行政院長、民進黨大老謝長廷表示，特赦不是法律問題而是政治問題，由馬英九來做，才顯得出度量，如果由蔡英文來做，將出現爭議。
台灣總統當選人蔡英文並沒有就特赦陳水扁的議題表達任何意見，副總統當選人陳建仁、高雄市長陳菊以及台北市長柯文哲日前探視了因為健康原因保外就醫的陳水扁。
司法個案
2008年，陳水扁及其家人因涉嫌洗錢、收賄、貪污等犯罪行為而被羈押，是第一位入獄的中華民國卸任元首。
2015年，陳水扁因為健康原因獲准保外就醫，目前和家人一起住在高雄，主要對外聯繫窗口是兒子陳致中。
扁案目前在台灣還有爭議。綠營支持者認為，陳水扁受到政治迫害，藍營方面認為，陳水扁貪污事證確鑿，也不應該獲准保外就醫。
針對陳水扁的特赦以及保外就醫等議題，馬英九總統曾經表示，不會介入司法個案。
